En diciembre de 2015 reemplaza a Diego Santilli en el Senado, ya que había ocupado el lugar de suplente en la lista de las elecciones legislativas de 2013, y asume la Presidencia Provisional
Pocos días antes del traspaso del mando, la Presidenta saliente y el Presidente entrante mantuvieron una fuerte confrontación sobre el lugar de entrega del bastón de mando y la banda presidencial, atributos simbólicos del Presidente. La Presidenta saliente, Cristina Kirchner, sostuvo que el lugar debía ser el Congreso de la Nación ante la Asamblea Legislativa, argumentando que «lo indica el artículo 93 de la Constitución Nacional» mientras que el Presidente entrante, Mauricio Macri sostuvo que según él, el bastón y la banda debían ser entregados en la casa de gobierno como había sido con todos los presidentes que recibieron estos atributos desde Domingo Sarmiento hasta Eduardo Duhalde.
La controversia surgió porque en la constitución nacional no se especifica donde deben ser entregados los atributos presidenciales ya que estos no tienen ningún significado jurídico y son simplemente parte de una tradición.
Macri solicitó una medida cautelar solicitando que el mandato de Cristina Fernández de Kirchner termine el día 9 de diciembre. El fiscal Jorge Di Lello dictaminó a favor, y luego la jueza María Servini de Cubría rechazó la medida cautelar e hizo lugar al pedido como acción declarativa de certeza dictando una sentencia que dispuso que el mandato de la Presidenta Fernández de Kirchner finaliza a la medianoche del 9 de diciembre y el Presidente Macri comienza su mandato a las 0 horas del 10 de diciembre, quedando el Poder Ejecutivo acéfalo, razón por Federico Pinedo quedó «en ejercicio del Poder Ejecutivo» sin ocupar el cargo de Presidente de la Nación hasta la jura de Mauricio Macri doce horas más tarde.
Su supuesto título de Presidente de la Nación durante doce horas fue blanco de ironías y burlas en las redes sociales, llegando a ser tendencia.
Conocida la decisión del fiscal, el ex titular de la Agencia Federal de Inteligencia Oscar Parrilli cuestionó irregularidades en la decisión judicial por acortar el mandato constitucional de Cristina Kirchner, dejar al país sin Presidente titular y obligar a poner en funcionamiento la ley de acefalía, sosteniendo ante una afirmación de un periodista que «si hay acefalía como usted dice eso para mí es un golpe
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